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La máquina detecta a un hombre en la Terminal Grand Central y tras comprobar en varias bases de datos, le identifica como Wallace Negel a través de la CIA. Al buscar información adicional, un documento del Ministerio para la Seguridad del Estado del este de Alemania le identifica como Ulrich Kohl, un agente de la Stasi presuntamente muerto cuya mujer falleció en un accidente de coche.
La máquina categoriza a Kohl como no-relevante y contacta con el administrador. Kohl sale de la estación eludiendo con éxito a un hombre rubio trajeado que parece estar buscándole.
En la biblioteca, Reese aparece con dos vasos de café y Finch le informa de que no bebe café. Reese le dice que es en realidad té verde Sencha con azúcar, tal y como le gusta a Finch, y bromea asegurándole de que aún ni siquiera ha averiguado su color favorito.
Finch le habla a Reese sobre el nuevo número que ha sido proporcionado: se trata de Wallace Negel, un inmigrante alemán.
Ha trabajado en exportaciones internacionales pero que, sin embargo, no ha hecho una sola transacción electrónica desde diciembre de 1987. Reese no tarda en deducir que Negel tan solo es un alias y el hombre seguramente sea un espía. Finch ya ha averiguado que Negel adquirió una parcela en un cementerio del Bronx poco antes de desaparecer.
Mientras Reese se acerca a la parcela para echar un vistazo, Finch visita a un vendedor de libros llamado Pilcher, quien de forma no oficial mantiene datos sobre operaciones secretas y espías de la década de los ochenta y podría proporcionar información que Finch es incapaz de encontrar en los ordenadores. Para que Pilcher colabore, Finch le hace chantaje revelando saber que él hizo un trato con inteligencia rusa relacionado con esquemas de submarinos soviéticos.
Finch descubre que el verdadero nombre de Negel es Ulrich Kohl y fue parte de un equipo de espionaje enviado para perseguir y neutralizar a desertores de Alemania del Este. Kohl estaba en Europa cuando cayó el Muro de Berlín y pasó a esconderse en la Unión Soviética cuando las autoridades del oeste empezaron a buscarle. Finch también descubre que la mujer de Kohl, Anja, trabajó como secretaria en la sede de la Stasi y murió en un accidente de coche en 1987, poco después de la desaparición de Kohl.
En el cementerio, Reese descubre que Kohl utilizó la parcela del cementerio para esconder algo pero ya lo ha recuperado. Lo único que encuentra en la zona es una moneda de Alemania. Mientras tanto, Kohl llega al apartamento de un anciano, Hauffe, le enseña una fotografía de una mujer y pregunta (en alemán) si recuerda a Anja. En cuanto Hauffe le reconoce, Kohl le dispara en el hombro, diciéndole que tienen cosas por discutir.
2006
John y Stanton se encuentran por primera vez durante una misión en Budapest, Hungría. Él la reconoce como Stanton pero ella le interrumpe cuando está a punto de decir su nombre. Le dice que la identidad que le ha sido asignada por el Servicio Clandestino Nacional no ha funcionado y de momento, no es nadie y ella decide el nombre que él tendrá.
Stanton sugiere el nombre "Wilson", pero opta por buscar otro distinto. Luego, le ofrece una bebida, pero él la rechaza. Ella le comenta que a partir de ahora, estará tras las líneas enemigas continuadamente y no hay vuelta atrás. Stanton le enseña una fotografía de una cámara de vigilancia en la que puede verse a él con Jessica en el aeropuerto previamente y él lo comprende.
De vuelta en la biblioteca, Finch identifica la moneda como un marco de Alemania del Este, una moneda que está fuera de circulación desde 1990. Todo un conjunto de estas monedas ha sido vendido anteriormente ese mismo día y una llamada telefónica se hizo a un número en el West Village. En cuanto Reese llega al apartamento, encuentra a Hauffe muerto. Reese observa el cuerpo y ve que hay marcas de pinchazos con agujas en su cuello, deduciendo que ha sido interrogado antes de morir.
Mientras tanto, Finch investiga a los demás miembros del antiguo equipo de Kohl e informa a Reese de que ellos eran cuatro: el líder, llamado Steiler, un falsificador de documentos llamado Wernick y un oficial de casos llamado Hauffe. También ve que el apartamento pertenece a un arquitecto soltero, Andrew Honem. Reese encuentra un pin de la Sociedad de Volks de América en el escritorio del fallecido y una caja oculta en el subsuelo bajo un armario.
La caja contiene varias medallas y un certificado por servicios de fidelidad proporcionado por el Ministerio de Seguridad del Estado, identificando al hombre como Hauffe. Justo en cuanto lo descubre, el hombre rubio que había estado buscando a Kohl en la estación de tren aparece en el apartamento, amenazando a Reese con un arma. Le dice que Kohl probablemente vuelva a matar, pero Reese le deja inconsciente y mira su cartera, descubriendo que es un agente de inteligencia alemán.
Reese le quita el móvil para llamar al detective Fusco, a quien le pasa una información anónima sobre un asesinato en el West Village. Reese le comenta que ha dejado al agente como "paquete" para cuando acuda y quiere que averigüe lo que el agente sabe.
Kohl rastrea a su siguiente víctima, Wernick, otro de sus ex-compañeros que ahora vive como un abogado de Wall Street con el alias "Julian Werner". Sin saber el motivo de la reaparición de Kohl y los asesinatos de sus ex-compañeros, Reese sospecha que pueda tratarse de venganza por la muerte de su esposa, Anja.
Kohl encuentra a Wernick almorzando en un restaurante y le envenena utilizando una aguja en cuanto se acerca a él.
Wernick le reconoce y rápidamente deduce que va a morir. Kohl le pregunta si recuerda a Anja y Wernick se siente mal por todo lo que le pasó a Kohl y la forma de actuar de los demás. El veneno acaba actuando y Wernick se desploma al suelo, inconsciente. Kohl desaparece y, segundos después, Reese entra y ve lo que ha pasado. Poco después, cuando los paramédicos llevan a Wernick hacia la ambulancia, Reese roba el vehículo y arranca.
Reese conduce hacia una calle vacía y se detiene para ofrecer a Wernick salvar su vida a cambio de información. Kohl le ha inyectado con ácido cianhídrico y Wernick morirá pronto si Reese no le ayuda con un antídoto. Aún con problemas para respirar, Wernick empieza a hablar, diciéndole a Reese que los americanos querían muerto a Kohl por que estaba eliminando a todos sus informadores, de modo que su equipo le traicionó a cambio de una nueva vida en los Estados Unidos. Kohl acudió a los soviéticos junto a su mujer Anja, pero los americanos intervinieron y ocurrió el accidente.
Reese inyecta el antídoto en Wernick, quien menciona que la siguiente víctima de Kohl podría ser el tercer miembro del equipo, Steiler, pero pierde el conocimiento antes de poder decir cual es el alias que utiliza. Reese busca en su cartera y encuentra el mismo pin que vio en el apartamento de Hauffe previamente. Al enviar una foto del pin a Finch, él descubre que pertenece a una organización para americanos con herencia alemana, lo cual sería la oportunidad perfecta para los ex-miembros de la Stasi para reunirse en público, a pesar de haber desertado, de modo que Steiler podría ser otro miembro.
Los informes de las escenas del crimen en el apartamento de West Village y en el restaurante de Wall Street llegan al 8º precinto, con el dato de que un señor trajeado ha sido visto saliendo de los dos lugares.
Fusco informa a Carter de que su hombre trajeado se ha apoderado de una ambulancia, mientras que en la primera escena del crimen, un agente alemán llamado Heinlein fue encontrado inconsciente en el suelo.
Fusco y Carter intentan interrogarle, pero todo lo que dice es "llamada telefónica" y una serie de demandas en alemán. Los dos le enseñan fotos de las primeras dos víctimas, pero el agente sigue sin cooperar. Carter le asegura de que ellos quieren lo mismo que él y Heinlein empieza a hablar.
Heinlein les dice que Kohl es un prisionero que fue arrestrado 24 años antes en una operación entre los gobiernos de Estados Unidos y Alemania. Cuando intentaron enviarle a una prisión de mínima seguridad, escapó. El problema es que Kohl fue arrestado sin un juicio, su identidad no debería existir y las autoridades americanas no pueden involucrarse sin causar in incidente internacional. Antes de que siga hablando, un coordinador enviado por el consulado alemán llega con órdenes de extraditar al agente.
Finch accede a la página web de la organización alemana con facilidad y comprueba la lista de miembros. Descubre a un hombre llamado Michael Stegans, un capataz de construcción cuyo trasfondo implica que podría ser el otro ex-miembro del equipo de Kohl. Stegans es Steiler, que en ese momento se encuentra trabajando en una obra en Brooklyn. Finch logra encontrar un número de teléfono y llama a Steiler para avisarle, aunque él piensa que es una broma y no le cree.
Está seguro de que Kohl ha muerto, pero cambia de idea en seguida al ver a Kohl ante él, apuntando con un arma. No obstante, Steiler no está sorprendido por que sabía que ese día llegaría. Él es quien ha entrenado a Kohl y quien mejor le conocía, pero también menciona que Kohl ha cambiado debido a todo lo que hizo. Kohl le culpa por lo que pasó con el equipo, con él mismo y con su mujer, pero en cuanto se prepara para disparar, Steiler le pide que se detenga para poder hacer una llamada telefónica.
Steiler le dice que era el único que lo sabía y le pasa el teléfono a Kohl, quien escucha la voz de Anja al otro lado de la línea y se queda sin habla. Steiler le dice que Anja empezó a temer a Kohl y contactó con él años antes de la deserción. Diciéndole que su venganza ha sido para nada, Steiler le ataca e intenta cogerle la pistola, pero tras el forcejeo Kohl le empuja hacia fuera de la obra y se marcha de allí.
Reese aparece segundos después y descubre a Steiler muerto tras caerse desde una gran altura. Contactando con Finch, le informa de que tienen que encontrar a Anja cuanto antes ya que Kohl tratará de buscarla. Finch deduce que el accidente de coche fue falso y ella también traicionó a Kohl, lo cual la convierte en un objetivo tal y como sus ex-compañeros.
El agente alemán es preparado para ser liberado y deportado, lo cual frustra a Carter. Fusco sugiere que pueden dejar que Reese persiga a Kohl, pero Carter no está de acuerdo con enviar a un asesino a por otro asesino. Sin que ella lo sepa, Fusco sigue adelante con su idea y envía información a Reese sobre el modelo del vehículo en el que llevan a Heinlein y su matrícula. Finch pide a Fusco que envíe el número del rastreador de GPS del coche para que puedan saber por donde irá.
Gracias a la información, Finch no tarda en saber la posición exacta del vehículo, aunque no sabe exactamente como va a proceder Reese. Reese coge un rifle de francotirador en el maletero y se prepara para disparar, pidiendo a Finch que le ayude observando. Sorprendiendo a Reese, Finch parece tener un detallado conocimiento de lo necesario para hacerlo, proporcionándole información exacta sobre el viento y la distancia. Reese dispara al capó del coche y consigue que se detengan.
Ignorando del todo las quejas del coordinador que acompaña a Heinlein, Reese agarra al agente para preguntarle donde puede encontrar a Anja Kohl. Heinlein finge no saberlo pero le pasa un pequeño trozo de papel con la dirección de Anja sin que el coordinador le vea hacerlo. Finch y Reese en seguida se dirigen al sitio indicado.
Kohl también averigua la dirección de Anja y acude al apartamento, pero solo encuentra a Reese, sentado en la mesa del comedor esperándole. Apuntándole con una pistola, Reese le informa de que Anja no está, pero está a salvo donde él no puede encontrarla. Cuando Reese intenta convencerle de que no vaya a por ella, Kohl le captura presionando sus dos arterias carótidas externas, obstruyendo la circulación sanguínea para hacer que se quede inconsciente.
Mientras, Finch logra recoger a Anja con su vehículo y se prepara para llevarla a comisaría para dejarla al cuidado de Fusco. A Anja le sorprende oír que Kohl está en la ciudad y sabe que vendrá a por ella, pero insiste en hacer una llamada telefónica.
En la casa de Anja, Reese vuelve en si estando atado a una silla frente a Kohl, quien inspecciona una pequeña cámara de vigilancia que ha desactivado antes de entrar. Kohl le pregunta donde está Anja, pero al ver que Reese sigue en silencio, saca sus agujas. Reese le dice que estuvo en Kandahar y fue torturado con electricidad solo para que averiguasen su nombre, pero a Kohl no le impresiona. Tan solo se acerca y le inserta una aguja en el hombro a Reese.
En la comisaría, Carter es informada sobre el ataque al vehículo que trasladaba al agente alemán al aeropuerto. Le dice a Fusco que un hombre trajeado disparó al coche para sacarlo de la carretera y se dirige a la zona para ver si hay alguna pista. Fusco en seguida recibe una llamada de Finch, preocupado, diciéndole que Reese ha ido a la casa de Anja y no ha vuelto a contactar desde entonces. Fusco se queja diciendo que no es su sirviente, pero no tiene elección cuando Finch le pasa la dirección de la casa.
Reese sigue atado a una silla en la casa de Anja sin hablar. Kohl le comenta que solía ser muy bueno en matar a gente y por eso le reclutaron en la Stasi. Fue enviado a matar a otros en diversos lugares en nombre de su país.
Reese nota que su propia historia es muy similar a la de Kohl, pero él sigue sacando agujas para torturarle.
Finch y Anja siguen en el interior de un coche. Ella le cuenta que Kohl siempre estuvo ausente por trabajo pero cuando estaba con ella, la amaba. Cuando sus compañeros de equipo le traicionaron, él la quiso llevar con él para abandonar el país. Por razones de seguridad, viajaron por separado a la Unión Soviética y en ese momento los americanos intervinieron. Según Anja, ellos le enseñaron fotos de los asesinatos de Kohl. Al principio ella creía que era todo mentira, pero luego decidió falsear el accidente de coche para alejarse de Kohl. Mientras él creyó que ella había fallecido, Anja pudo empezar una nueva vida.
Kohl nota que para lograr obtener información de Reese, podría tardar toda la noche. Al caminar alrededor de la casa, encuentra una fotografía de una joven chica en la cocina. Kohl ve que la chica tiene los ojos de su madre y de inmediato se pone a buscar más información sobre la hija a la que nunca ha conocido.
Antes de que Kohl llegase a la casa, Reese escondió todo lo que había allí sobre la chica, que se llama Marie, incluyendo un álbum de fotos y una carta de la Universidad de Columbia. Reese le dice que para ambos es demasiado tarde, pero Marie podría tener una vida normal. Pide a Kohl que la deje en paz, pero Kohl decide marcharse.
Antes de salir, Kohl le dice que de un profesional a otro, no puede tener a Reese siguiéndole a todas partes y le apunta con su arma. Está a punto de apretar el gatillo cuando surge Fusco, quien logra evitarlo. Fusco desata a Reese y él corre tras Kohl, que ya va de camino a encontrar a su hija. Kohl encuentra a Marie en la Universidad de Columbia justo cuando ella sale y le amenaza con su pistola para que llame a su madre.
Marie llama a Anja para decirle que hay un hombre que quiere verla. Finch, que sigue junto a Anja, informa a Reese de lo que planea Kohl: quiere que Anja vaya sola a encontrarse con él en Central Park. Mientras van hacia allí, Marie pregunta a Kohl de qué conoce a su madre y Kohl le dice que conocía a también a su padre. Kohl le pregunta si sabe algo sobre él y Marie le explica que según Anja, su padre era un soldado en Alemania, un hombre valiente que murió siendo un héroe antes de que ella naciera y que ayudó a que su madre escapase cuando cayó el Muro de Berlín.
Unidades de la policía comunican sobre el posible secuestro en Central Park. Cuando Kohl y Marie llegan al lugar indicado, se encuentran con Anja y Finch. Reese aparece por detrás y amenaza a Kohl con una pistola. Mientras tanto, Carter, Fusco y otros policías también llegan al parque siguiendo una denuncia anónima. Carter sospecha que su hombre trajeado hará una aparición, de modo que se lleva a varios policías con ella.
En el lugar del encuentro, Anja revela a Marie que Kohl es su padre. Ella explica que Kohl dejó de ser el hombre con el que se casó y ella pasó a sentirse sola y atrapada. Estando embarazada, no tenía otra elección y abandonó a Kohl para empezar una nueva vida. Anja lamenta lo que hizo y le pide perdón a Kohl, quien responde que tenía que ver a ambas y una parte de él siempre ha estado con ella. Entonces, apunta su arma a Anja y Reese le avisa para que no apriete el gatillo.
Kohl no lo hace y Reese no tiene otra opción, de modo que le dispara para salvar a Anja. Kohl se viene abajo diciéndole a Anja que tenía razón al tenerle miedo. Reese pide a Finch que se lleve a Anja y a Marie de allí. Al comprobar la pistola de Kohl, descubre que no tenía balas. Kohl confiesa que jamás dispararía a Anja pero sabía que Reese le dispararía ya que él también fue un soldado. A pesar de todo lo que le arrebataron, una parte de él sobrevivió en Marie.
Cuando la policía se acerca, encuentran el cuerpo del fallecido Kohl. Reese observa desde una distancia.
2006
Sorprendido, John le pregunta por qué les disparó sin ni siquiera hacer más preguntas y ella le informa de que una fuente muy fiable le pasó información de que aquellos hombres fueron sobornados y dejaron a un asesino en masa escapar. Stanton ordena a John a deshacerse del arma y de los cuerpos y trata de hacerle entender que la amenaza es muy real y su país le necesita. Ahora está por su cuenta y ya no tiene viejos amigos. Al final, Stanton decide otorgarle el alias "Reese".
Tras el funeral de Kohl, Reese y Finch se reúnen ante su tumba. Finch señala que Kohl ahora está enterrado bajo un nombre que ni siquiera es el suyo (Wallace Negel) y el gobierno alemán está ocultando toda la historia, como si Ulrich Kohl nunca hubiera existido. Reese se pregunta si alguien se recordará de sus nombres alguna vez cuando mueran. Finch le responde diciendo que pensaba que ya estaban muertos.