Gates perdió a su mujer, Elizabeth, alrededor de un año antes de la fecha en que es indicado por la máquina. Ha criado a su hijo Samuel Gates, Jr. desde entonces con la ayuda de una niñera, Christina Rojas.
El hijo de Gates es secuestrado por Jarek Koska y su organización criminal, SP-9, para presionar a Gates y obligarle a no condenar a Angela Markham, una asociada acusada en un caso de atropello y fuga en el que trabaja actualmente. Sabiendo lo que está ocurriendo, Reese ofrece su ayuda a Gates para encontrar a Sam, pese a la desconfianza del juez.
Aunque al final acaba cediendo y deja a Angela Markham salir en libertad, los secuestradores acaban traicionándole y planean matar tanto a Gates como a su hijo. Sin embargo, Reese interviene en el preciso instante y logra rescatar a ambos y neutralizar a Markham, Koska y a sus hombres en un tiroteo. Mientras son capturados, Afterwards, Finch provee de forma anónima a la abogada Monica Ramirez varios papeles que consisten en pruebas contra Markham y posiblemente sus tratos con Koska para que sean condenados.
Poco después de la reunión con su hijo, Gates vuelve a ver a Reese en un parque, a quien agradece por su ayuda. El juez comenta que pese a todo, no podrá ayudarle si las autoridades acaban descubriéndole. Reese tan solo le dice que disfrute de su hijo y se marcha. ("Judgment")